2006年，方舟子在媒体上发表言论说“眼保健操是伪科学”，于是，眼保健操“无用论”盛嚣尘上，推广了 50 余年的眼保健操遭到了来自学生、家长、老师等方方面面的质疑，眼保健操的利弊和去留成了公众关注的话题。
　　眼保健操“无用论”主要依据是我国开展眼保健操近 50 年来，青少年近视率不断攀升，已经位居世界第二，相反像美国等国家不做眼保健操，学生的近视率却比我国学生近视率要低很多。很显然，不考虑种族差异和用眼行为差异，而仅仅考虑近视发病率是不科学的。
　　从种族上来讲，黑种人发生近视最少，白种人次之，犹太人和黄种人发病率高。在我国，汉族患病率最高，其次为白族等，较少的有维吾尔族、哈萨克族等。从用眼行为上来说，美国学生学业负担少于我国学生，其近距离看书的时间会减少。当然，除此之外，两国小孩的遗传因素和电子屏接触时间也不尽相同。因此，不能因为我国学生的近视率排世界第二，就单纯归咎于眼保健操无用!
　　只要操作正确，眼保健操是可以通过放松眼部肌肉、通经活络、改善眼部血液循环和神经功能来缓解视觉疲劳的，对眼睛的健康是有积极作用的，对近视眼的防治也被证实是有益处的。通过客观的研究发现，做完眼保健操后，裸眼视力、眼疲劳工作指数、眼血流速度、眼血流阻力指数等指标都有积极的变化。
　　但是，我们不能奢求每天10分钟的眼保健操去保护每天10多小时的用眼，这是不可能做到的，因此除了做眼保健操外，我们要科学安排用眼时间。最让我们担心的是，即使是10分钟的眼保健操，青少们也没有认真完成，没能找准穴位，不一定按照规范动作来做。 眼保健操做的是否正确、认真和持 久是有没有用的决定因素!眼保健操的作用是渐进的、累加的，自然也是一个量变引起质变的过程。
   综上，遗传和用眼过度是造成近视的主要原因，无论是家长、老师还是学生，一定要相信眼保健操的科学性和积极作用，凡是坚持就有效果，习惯是日积月累的，眼睛保健也是需要一日复一日地坚持，专家呼吁，如果您没办法让用眼时间缩短，那么眼保健操做起来，一定是有益无害的。